De-a lungul vremii, Departamentul de arheologie al Institutului a realizat o serie de programe de cercetare teoretice şi practice de mare anvergură. Începând cu anul 1975, un colectiv condus de Dr. I. I. Russu a participat la unul din cele mai mari proiecte ale Academiei Române, Corpus-ul inscripţiilor antice din România: Inscriptiones Daciae et Scythiae Minoris antiquae, prima serie fiind Inscripţiile Daciei romane (IDR), din care au aparut 7 volume.
Un alt program realizat de acelaşi colectiv a fost Repertoriul arheologic al Transilvaniei, coordonator Dr. I. H. Crişan. Rămas multă vreme în manuscris, acest instrument de lucru indispensabil celor ce doresc să facă cercetări arheologice, a fost publicat după 1990 în mod inegal şi parţial, cu colaborarea unor muzee (jud. Cluj, jud. Mureş, jud Arad, jud. Alba, jud. Harghita).

Membrii Departamentului au desfăşurat cercetări arheologice sistematice, dintre care le menţionăm pe cele mai importante: cetatea hallstattiană de la Teleac (Dr. V. Vasiliev), Grădiştea Muncelului şi Costeşti (Dr. I. Glodariu), cetatea dacică Piatra Craivii (Dr. I. Glodariu), necropola celtică Fântânele (Dr. I. H. Crişan), cetatea dacică Cugir (Dr. I. H. Crişan), castrul roman Buciumi (Dr. E. Chirilă, Dr. N. Gudea), castrul roman Bologa (Dr. E. Chirilă, Dr. N. Gudea), castrul roman Porolissum (Dr. E. Chirilă, Dr. N. Gudea), castrul roman Potaissa (Dr. M. Bărbulescu), cimitirul de epoca romană de la Soporul de Câmpie (Dr. D. Protase), cimitirul şi aşezarea de epocă romană Obreja (Dr. D. Protase), aşezarea de epoca migraţiilor de la Moreşti (Dr. K. Horedt), cimitirul de epoca migraţiilor de la Noslac (Dr. M. Rusu), aşezarea de epoca migraţiilor de la Iernut (Dr. M. Rusu).

Principalul program de cercetare teoretică a fost Contribuţii la istoria Transilvaniei, subdivizat în mai multe proiecte.

Au continuat cercetările arheologice sistematice, şantierele mai importante fiind Porolissum (Dr. N. Gudea), aşezarea romană şi de epoca migraţiilor Suceag (Dr. C. Opreanu), aşezarea de epoca migraţiilor Lazuri (Dr. I. Stanciu), aşezarea de la Iernut (dr. C. Cosma).

După anul 2000 condiţiile administrative şi cadrul legislativ s-au modificat radical, Academia Română a încetat să mai finanţeze cercetările arheologice sistematice, sarcină preluată de Ministerul Culturii şi Cultelor.

Explozia investiţiilor imobiliare şi din infrastructură au determinat o creştere a solicitărilor pentru săpături de salvare şi investigaţii pentru eliberare a unor terenuri de sarcina arheologică.

Grupul de cercetători ai Departamentului a participat la Programul Naţional Roşia Montană (coordonator Dr. S. Cociş) şi la Programul Autostrada Transilvania (coord. Dr. S. Cociş).

După anul 2000, s-au realizat şi primele programe de cercetare realizate prin cooperare internaţională (Italia 2001-2002, Comisia Europeană 2004-2007).
În prezent Departamentul colaborează la două Proiecte internaţionale, ambele cu Roemisch-Germanische Kommission, Frankfurt am Main (Germania): Programul Dyabola şi Prospecţiuni pe limeşul estic al Daciei Superioare.

Departamentul de arheologie a colaborat la elaborarea noului tratat al Academiei Române, Istoria României, între autori fiind Dr. R. Ardevan, secretar al volumului II şi Dr. I. Stanciu, colaborator ştiinţific la acelaşi volum.

Organizarea de manifestări ştiinţifice internaţionale şi conferinţe ştiinţifice