În primele zile ale anului 1990 a început procesul renaşterii Academiei Române, instituţie naţională de referinţă pentru ştiinţa şi cultura românească, fondată în 1866. Fostele institute de cercetare ale Academiei Române, afiliate vremelnic pe lângă universităţi, au revenit la vechea lor matcă, sub jurisdicţia celui mai înalt for ştiinţific şi cultural al ţării.

Institutul de Arheologie şi Istoria Artei al Academiei Române, înfiinţat la 3 martie 1990 prin hotârare guvernamentală, împreună cu Institutul de Istorie George Bariţ, este continuatorul şi moştenitorul ştiinţific şi al tradiţiilor din domeniul cercetării promovate încă din 1920 de Institutul de Istorie Naţională, Institutul de Studii Clasice sau Seminarul de Istoria Artei. La 1 mai 1949 institutele de cercetare clujene din perioada interbelică au fost reorganizate fiind incluse în nou înfiinţatul Institut de Istorie şi Arheologie, al cărui obiectiv principal a fost cercetarea istoriei României cu specială privire asupra istoriei Transilvaniei, noua instituţie aflată sub egida Academiei Române avand sectoare de istorie veche şi arheologie, istorie medievală, istorie modernă şi contemporană, precum şi un sector de istoria artei. Directorii Institutului de Istorie şi Arheolgie din Cluj Napoca au fost între 1949-1973 academicianul Constantin Daicoviciu, urmat apoi de academicianul Ştefan Pascu (1973-1990).

În epoca interbelică, dar mai ales în a doua jumatăte a secolului XX, la Cluj a activat o valoroasă şcoală de arheologie, de istorie antică şi studii clasice, care s-a bucurat de recunoaştere în lumea ştiinţifică internă şi internaţională, fiind reprezentată de ilustre personalităţi ca D.M. Teodorescu (1881-1947), Bela Posta (1862-1919), Vasile Bogrea (1881-1926), Marton Roska (1880-1961), Ştefan Bezdechi (1888-1958), Constantin Daicoviciu (1898-1973), Kurt Horedt (1914-1991), I.I.Russu (1911-1985), sau Istvan Ferenczi (1921-2000), ce apartin unei generatii de studioşi în domeniul arheologiei şi istoriei vechi, care în acelaşi timp erau şi dascăli, formatori a unei pleiade de specialişti, cercetători şi universitari. Noua generaţie şi-a facut debutul pe marile şantiere arheologice initiate de Institut în perioada postbelică, între aceştia numărându-se Ion Horaţiu Crişan (1928-1994), Mircea Rusu (1928-1999), Dumitru Protase (n.1926), Hadrian Daicoviciu (1932-1984), Valentin Vasiliev (n.1934), Ioan Glodariu (n.1940).

Membri Institutului au desfăşurat ample săpături arheologice în numeroase situri: Cetăţile dacice din Munţii Orăştiei, capitala Daciei romane Sarmizegetusa Ulpia Traiana, Potaissa, Porolissum, Bologa, Buciumi, Ilişua, Alba Iulia, Şura Mică, Slimnic, Teleac, Cugir, Pecica, Fântânele, Iernut, Noslac, Moreşti, Râşnov, Onceşti, Micia, Gherla, Casei, Dăbâca, Biharia, Rachitova, Suceag, Cluj Napoca, Feleac, Lazuri, Ortelec, Săcuieni.

Cercetările arheologice desfăşurate sub auspiciile Institutului au fost şi sunt contribuţii ştiinţifice esenţiale la elucidarea unor aspecte ale istoriei antice sau medievale, de o majoră importanţă.

Studiile de istoria artei au debutat la Cluj în 1920, Coriolan Petranu (1893-l945) fiind primul profesor titular la Universitate, care a împletit în mod fericit activitatea didactică cu munca de cercetare ştiinţifică.

În anii 1947-1949 catedra de istoria artei de la Universitatea din Cluj era ocupată de profesorul Virgil Vătăşianu (1902-1993), care din toamna anului 1955 coordona grupul de cercetători de la Secţia de Istoria Artei a Academiei Române Filiala Cluj, instituţie autonomă, ce va fi inclusă ca sector a Institutului de Istorie şi Arheologie. Secţia, iar ulterior Sectorul de istoria artei, coordonate de academicianul Virgil Vătăşianu, au avut ca membri prestigioşi cercetători ai domeniului: Cornel Irimie, Ana Maria Haldner, Gheorghe Arion, B. Nagy Margit, Teodor Ionescu, Marius Porumb, Nicolae Sabău, Kovacs Andras, Ştefan Matei.
Institutul de Arheologie şi Istoria Artei al Academiei Române din Cluj Napoca are în prezent două departamente: 1. Istorie Veche şi Arheologie şi 2. Istoria Artei.